بدأ القسم مع إنشاء كلية الطب في عام 1428 هـ - 2007 م  بعد الزيارة المباركة لخادم الحرمين الشريفين الملك عبدالله بن عبدالعزيز آل سعود طيب الله ثراه، لمنطقة الحدود الشمالية ، و بدأ التدريس الفعلى في القسم عام 1430 هـ ، حيث بدا التدريس لمقرر علم الاحياء الدقيقة وعلم الطفيليات الطبية لطلاب وطالبات كلية الطب،  وقسم تقنية المختبرات الطبية في كلية العلوم الطبية التطبيقية .